RNAシーケンス
RNAシーケンスの未来はロングリードにあります！Iso-Seqは、バイオインフォマティクスによるトランスクリプトームアセンブリを必要とせずに、最大10 kb以上のcDNA分子全体をシーケンスするため、バルクおよびシングルセルのトランスクリプトームで新規遺伝子やアイソフォームを特徴付けることができます：
- 転写開始点、終了点、イントロンの保持、エクソンスキッピングイベントを含むオルタナティブスプライシング（AS）イベントの特性解析
- 腫瘍サンプルにおける遺伝子融合の発見
- 対立遺伝子特異的アイソフォームの同定
- 発現量の異なるアイソフォームやアイソフォームスイッチングイベントの検出
- オープンリーディングフレーム（ORF）予測による新規アイソフォームの機能的影響の予測
ISOFORM DISCOVERY
“More than 50% of isoforms robustly detected using Iso-Seq could not be readily recapitulated using standard RNA-seq, highlighting the advantage of long-read sequencing for characterizing isoform diversity.”
Leung, et al. (2021) Full-length transcript sequencing of human and mouse cerebral cortex identifies widespread isoform diversity and alternative splicing. Cell Rep. 37(7):110022.
スポットライト：全長RNAシーケンス
KINNEX FULL-LENGTH RNA KITは、スケーラブルでコスト効率の高いアイソフォームシーケンスを可能にします。
Kinnex full-length RNA kitは、最大10 kbまでの完全長アイソフォームを生成します。Iso-Seq express 2.0 kitおよびSMRT Linkでの解析と組み合わせることで、お客様のRNA研究において既知および新規アイソフォームの特性解析および発現比較を可能にします。
RNAアプリケーションごとに適したソリューション
RNA シーケンス用パックバイオ iso-seq法およびキネックスキットに関する一般的な質問
Iso-Seq法とは、PacBio SMRTシーケンス技術を用いて全長cDNAをシーケンスすることです。全長cDNAは真核生物RNA、細菌RNA、あるいはウイルスRNAから生成することができます。全長cDNAは1回のHiFiリードでシーケンスされるため、アセンブリーは不要です。
Iso-Seq法とそのバイオインフォマティクスのワークフローは、10 kb以上の高品質な全長転写産物配列を出力します。HiFiリードの精度が高いため、SNPや、シングルセル研究に使用されるUMIやバーコードも確実に同定できます。
Kinnexキットはスケーラブルで費用対効果の高いRNAシーケンスソリューションを提供します。Kinnex full-length RNA kit（Iso-Seq express 2.0 kitと共に使用）は、全トランスクリプトームRNAシーケンス用のエンドツーエンドソリューションを提供します。Kinnex single-cell RNA kitは、10x Chromium シングルセルキットから得られたシングルセルcDNA のシーケンスに使用できます。Kinnex 16S rRNA kitは、全長16S rRNAシーケンスが可能です。
ロングリードRNAシーケンスは、従来のショートリードの場合ではアイソフォーム構造を明確に解決できない、計算による転写産物アセンブリーに依存していたのに対し、完全長のアイソフォーム情報を提供できます。Kinnex full-length RNA kitは、Iso-Seq express 2.0 kitを使用して生成された全長cDNAをシーケンスし、非常に高いスループットと精度でアイソフォームの特性解析と比較を行うことができます。
ロングリードシングルセルRNAシーケンスでは、従来のショートリードでは遺伝子情報しか得られないのに対し、シングルセルレベルでアイソフォーム情報を得ることができます。Kinnex シングルセル RNA キットは、10x Chromium システムから得られた全長のシングルセルcDNA をシーケンスすることができ、シングルセルRNAバイオロジーに関するこれまでにない洞察を得ることができます。
ロングリードは、複数のアイソフォームを発現する可能性のあるがん融合遺伝子の全長転写産物構造を同定することができます。Iso-Seq法はがん融合遺伝子の同定に使用されています。例としては、B細胞急性リンパ芽球性白血病におけるIGH-DUX4融合、SKBR3細胞株における3ホップ融合、およびショートリードのデータからでは誤分類された卵巣がん患者特異的融合などの同定が挙げられます。
Iso-Seq法は、ショートリードのデータと一致する遺伝子レベル発現を持つ一方で、ショートリードのデータでは観察できないdifferential transcript usage (DTU)を同定できることが示されています。例えば、発達中の脳におけるDTUの同定、冬眠中のヒグマにおけるアイソフォームスイッチングイベント、老化したダウン症の脳における細胞タイプの違いなどが挙げられます。
The SMRT Link Iso-SeqおよびSingle-cell Iso-Seqワークフローは、PacBio社で作成されたロングリードRNA-Seqデータを完全にサポートしています. https://isoseq.how/wikiページでは、コマンドラインの使用方法について詳しく説明しています。最後に、に、三次解析のための推奨コミュニティツールのリストがあります Bioinformatics tools app note。
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